利尻島には北海道で良く知られているヒグマやエゾシカ、キタキツネといった中～大型の哺乳類はいません。

　陸上で一番大きな哺乳類は、シマリスで、トガリネズミ類、ネズミ類、コウモリ類が続きます。この他、人為的に移入したイタチとミンクが時々見られます。

　海岸では、ゴマフアザラシやトドといった海獣類が冬期間観察され、洋上では何種類かのイルカなどもみることができます。